Existe también el sistema de Institutos Tecnológicos Regionales en Ensenada, Mexicali (ITM) y Tijuana, así como la Universidad Politécnica de Baja California (UPBC) en Mexicali y la "Universidad Tecnológica de Tijuana", dando un sesgo importante al sistema público en materia de educación superior. En educación media superior se encuentran las preparatorias más desacadas a nivel estatal como el Colegio de Bachilleres del Estado de Baja California COBACHBC, Colegio de Estudios Científicos y Tenológicos del Estado de Baja California CECYTEBC, Colegio de Educación Profesional Técnica de Baja California CONALEPBC. Así como a nivel nacional DGETI, DGETA, Preparatoria Lázaro Cárdenas, CETMAR, entre otros.
Existen Universidades Privadas en el Estado, algunas de ellas son el Centro de Enseñanza Técnica y Superior (CETYS Universidad), Universidad Católica Tecnológico de Baja California, la Universidad del Valle de México Campus Mexicali, la Universidad Iberoamericana Tijuana (perteneciente al Sistema Universitario Jesuita), Univer Noroeste, la Universidad Xochicalco, la Universidad de las Californias (UDC), entre otras.
Además de las mencionadas anteriormente, en Baja California pueden encontrarse Escuelas Normales en cada municipio, éstas dedicadas a la formación de maestros de preescolar, primaria, educación física y educación especial. La más importante es la Benemérita Escuela Normal Urbana Federal Fronteriza, ubicada en Mexicali, fundada en 1940 (BENUFF) que ofrece actualmente 3 licenciaturas: Lic. en educación primaria, y en dos ramas de la educación especial: area motriz, y problemas de aprendizaje.
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